Từ giữa năm 1992, trước những yêu cầu mới của công tác tập hợp sinh viên và phát triển phong trào sinh viên thành phố, cũng như xu thế phát triển Hội sinh viên ở các địa phương khác, vấn đề khôi phục Hội Sinh viên trong các trường đại học - cao đẳng trên địa bàn Thành phố Hồ Chí Minh được đề cập.

Tháng 11 năm 1993, đề án khôi phục và thành lập Hội sinh viên Việt Nam trên địa bàn thành phố Hồ Chí Minh chính thức được Thành ủy và Trung ương Hội sinh viên Việt Nam ủng hộ, với 2 giai đoạn. Giai đoạn 1, giai đoạn trù bị - thí điểm, tiến hành từ 11/1993 đến hết năm học 1994 - 1995 với trọng tâm thí điểm thành lập Hội Sinh viên tại một số trường đại học - cao đẳng trọng điểm có đủ điều kiện, khôi phục lại Ủy ban trù bị Hội Sinh viên Thành phố (UBTB). Giai đoạn 2, giai đoạn chính thức, tiến hành từ đầu năm học 1995 - 1996 với nội dung tiến hành đại hội chính thức thành lập Hội Sinh viên Thành phố; phát triển rộng Hội Sinh viên trong các trường đại học - cao đẳng.

Việc triển khai thí điểm khôi phục và thành lập Hội Sinh viên tại 3 trường điểm đã được tiến hành với bước đi thích hợp. Đến đầu năm 1995, Hội Sinh viên 3 trường (Tổng hợp, Kinh Tế, Sư phạm) đã chính thức thành lập. Trên cơ sở thí điểm tại các trường này, tháng 7/1995, UBTB Hội Sinh viên Thành phố tiếp tục mở rộng thí điểm bước 2 việc thành lập Hội tại 4 trường tiếp theo: Đại học Y Dược, Phân hiệu Đại học Luật, Đại học Sư phạm Kỹ thuật và Cao đẳng Sư phạm. Trong quá trình thí điểm, Ủy ban trù bị Hội Sinh viên Thành phố và Hội Sinh viên các trường đã tập trung xây dựng mô hình chi hội theo khoa, khóa, ngành học, CLB, đội nhóm. Từ khi có Hội, hệ thống các câu lạc bộ, đội nhóm trong các trường được củng cố và phát triển mạnh hơn, chỉ riêng 4 trường đã phát triển thêm gần 40 CLB, đội nhóm mới thu hút thêm trên 800 Hội viên. Qua giai đoạn trù bị - thí điểm, có thể khẳng định: sự ra đời của tổ chức Hội Sinh viên trong thời kỳ mới là thực sự cần thiết. Mối quan hệ Đoàn - Hội có thể xác lập một cách tốt đẹp, vừa đảm bảo tính nòng cốt chính trị của Đoàn, vừa đảm bảo tính độc lập, chủ động của Hội.

Đại hội thành lập Hội Sinh viên Việt Nam thành phố Hồ Chí Minh chính thức diễn ra trong 2 ngày 25, 26/10/1995. Đồng chí Nguyễn Thành Phong, lúc này là Giảng viên Đại học Kinh tế Thành phố Hồ Chí Minh được đại hội hiệp thương cử làm Chủ tịch đầu tiên của Hội Sinh viên Việt Nam Thành phố Hồ Chí Minh. Đại hội đã đề ra 6 chương trình hành động: Tích lũy và làm giàu tri thức chuẩn bị vào đời và vì đời; Sinh viên với truyền thống cách mạng và văn hóa dân tộc; Chung sức cùng cộng đồng xây dựng xã hội văn minh hiện đại; Sinh viên với đạo đức và lối sống; Chung sức giúp nhau trong cuộc sống, học tập và các quyền lợi chính đáng của sinh viên; Khoẻ để học tập - phụng sự, bảo vệ Tổ quốc.

Tháng 01/2000, Đại hội Đại biểu Hội Sinh viên Việt Nam Thành phố Hồ Chí Minh nhiệm kỳ II (2000 - 2005) đã diễn ra, hòa cùng không khí học sinh sinh viên cả nước sôi nổi chào mừng kỷ niệm 50 năm ngày truyền thống của mình. Đồng chí Võ Văn Thưởng được đại hội nhất trí hiệp thương cử vào chức danh Chủ tịch Hội Sinh viên Việt Nam Thành phố Hồ Chí Minh nhiệm kỳ II. Đại hội thống nhất triển khai 04 cuộc vận động: Vượt khó học giỏi, Sống đẹp, Tình nguyện vì cộng đồng, Mở rộng vòng tay bè bạn. Qua quá trình thực hiện, với những thành quả đạt được đã chứng minh 4 cuộc vận động do Hội tổ chức đã đáp ứng nhu cầu, nguyện vọng của lực lượng sinh viên thành phố, làm tiền đề cho công tác Hội và phong trào sinh viên nhiệm kỳ III.

Đại hội Đại biểu Hội Sinh viên Việt Nam Thành phố Hồ Chí Minh nhiệm kỳ III (2005 - 2010) diễn ra vào tháng 01/2005, đã khẳng định sự lớn mạnh và trưởng thành của hệ thống tổ chức Hội và phong trào sinh viên Thành phố mang tên Bác. Đại hội tiếp tục phát huy 4 cuộc vận động đã triển khai thành công từ nhiệm kỳ III và bổ sung Phong trào Sinh viên 3 tốt. Đại hội cũng đã hiệp thương cử đồng chí Tăng Hữu Phong giữ chức danh Chủ tịch Hội Sinh viên Việt Nam Thành phố Hồ Chí Minh.

Đại hội Đại biểu Hội Sinh viên Việt Nam Thành phố Hồ Chí Minh nhiệm kỳ IV (2010 - 2015) diễn ra vào tháng 01/2010. Nhiệm kỳ IV xác định thực hiện 5 chương trình: chương trình "Sinh viên rèn luyện đạo đức, tác phong", chư­ơng trình "Sinh viên học tập, sáng tạo", ch­ương trình "Tư vấn, hỗ trợ sinh viên", chương trình "Sinh viên tình nguyện", chương trình "Xây dựng Hội Sinh viên Việt Nam vững mạnh": và 2 cuộc vận động: cuộc vận động "Sinh viên 5 tốt" và cuộc vận động "Sinh viên xây dựng môi trường giáo dục tích cực, thân thiện, lành mạnh". Đại hội đã hiệp thương cử đồng chí Lê Quốc Phong giữ chức danh Chủ tịch Hội Sinh viên Việt Nam Thành phố Hồ Chí Minh. Đến tháng 3/2013, đồng chí Nguyễn Mạnh Cường được hiệp thương làm Chủ tịch Hội Sinh viên Thành phố. Qua 20 năm - bốn kỳ đại hội, từ 4 trường thí điểm thành lập (01/1995) đến nay (11/2014) đã có 59 trường có tổ chức Hội sinh viên, từ 400 Hội viên đến nay đã có 375.321 Hội viên.